L’Instrumentum laboris si sofferma anche sulla modernità. Il testo si spinge a sostenere che anche la parità “tra credenti e non credenti” è un “segno di immenso progresso dell’umanità”, ma evidenzia che “al musulmano credente la modernità si presenta con un volto ateo e immorale”. D’altronde, “La modernità è anche un rischio per i cristiani. Le nostre società sono allo stesso modo minacciate dall’assenza di Dio, dall’ateismo e dal materialismo, e più ancora dal relativismo e dall’indifferentismo”. Di qui la necessità che musulmani e cristiani debbano “percorrere un cammino comune”. Il documento evidenzia altresì che “negli stati a maggioranza musulmana non c’è laicità, ad eccezione della Turchia” (dove, tuttavia, “pone ancora problemi”), e per questo motivo esprime la speranza che gli stati a maggioranza islamica riconoscano il concetto di “laicità positiva”  promosso da Benedetto XVI.
Il testo si conclude ricordando che “la storia ha fatto sì che diventassimo un piccolo gregge”, anche perché i cristiani sono spesso costretti all’emigrazione.